Если Вы на ОСН (плательщик НДС), то Вы просто ставите его к вычету как любой другой входящий НДС.
Пример:
Вы покупаете в России товар за 1200 руб., в т.ч. НДС 200 руб.
Затем продали его за 1500 руб, в т.ч. НДС 250 руб.
К уплате НДС 250 руб., но при этом у Вас уже уплачено НДС 200 руб. при покупке.
Таким образом к доплате получается 250 — 200 = 50 руб. НДС.
В ситуации с импортом ситуация будет аналогичная.
Возьмем для простоты пример с товаром с нулевой ставкой пошлины.
Его стоимость с учетом доставки до границы условно 1000 руб.
Тогда НДС, который нужно уплатить на таможню составит 1000 руб.х20% = 200 руб.
Затем продали товар внутри России за 1500 руб, в т.ч. НДС 250 руб.
И дальше ситуация аналогичная как с покупкой в России.
Уже уплачено НДС 200 руб., а НДС к уплате 250 руб. Соответственно окончательная сумма НДС получится также 50 руб.
В случае УСН «доходы минус расходы» НДС уплаченный на таможню Вы просто принимаете на расходы, как и все остальные понесенные расходы (закупка, доставка, услуги и прочее). При расчете налога в текущем квартале вычитаете и платите меньше налога.
В случае УСН «доходы» таможенный НДС при ввозе товаров принимаете на расходы, но вычесть никак его не сможете, так как налог будет считаться от всех поступлений на расчетный счет.
Подводя итого можно сказать, что при небольших оборотах логично будет использовать режим налогообложения «доходы минус расходы».
При росте оборотов, а также если вашим покупателям нужен НДС, и при превышении лимитов УСН, нужно переходить на общую систему налогообложения и платить НДС.